CPLM和PLMD是两种基于多网络标签传播的方法，用于预测化合物-蛋白质和蛋白质-配体相互作用。

PiSite（Database of Protein Interaction Sites）是一个用于存储和分析蛋白质相互作用位点的科研工具。

3DID（3D interacting domains）主要是用于解析蛋白质分子内部的三维互作结构。

STITCH（Search Tool for Interactions of Chemicals）是一款用于生物分子间相互作用预测和分析的科研工具。

人类蛋白质参考数据库（HPRD）旨在为生命科学研究人员提供关于人类蛋白质相互作用和功能的有价值信息。

SWISS-2DPAGE是一个蛋白质双向电泳数据库，旨在提供蛋白质在双向电泳技术下的分离和定位信息。

InterPro是一个集成的蛋白质功能注释数据库，旨在帮助研究人员更好地理解蛋白质的功能、结构和相互作用。

UniProt（Universal Protein Resource）是一个综合性的蛋白质数据库，旨在提供关于蛋白质序列、结构、功能、互作和相关信息的综合性资源。

Pfam是一款重要的生物信息学科研工具，旨在帮助研究人员理解蛋白质序列的结构和功能。其核心定义是一个大规模的蛋白质家族数据库，根据蛋白质域的保守性对蛋白质进行分类和注释。

String是一种在生物信息学领域广泛应用的科研工具，主要用于分析DNA、RNA和蛋白质序列之间的相互作用、结构和功能关系。