TIMER2.0是一个基于肿瘤免疫细胞浸润和免疫相关基因表达的数据库。

IPSA是一个集成式的平台，用于分析转录组数据的时空信息。

PPDB（Plant Promoter Database）是一个植物启动子数据库，旨在收集、整理和提供植物基因的启动子序列信息。

PLncDB是一个专门用于存储和分析植物长非编码RNA（lncRNA）的数据库。

PMRD是一个专门用于存储和分析植物microRNA（miRNA）信息的数据库。

PlantcircBase是一个植物环状RNA（circular RNA）数据库，专注于汇集植物中环状RNA的信息。

ATTED是一个基于互秩指数统计特性的植物共表达数据库，专注于收集和展示植物基因的共表达关系。

CSRDB是一个关于谷物，尤其是水稻和玉米的小RNA（microRNA）数据库，CSRDB专注于收集和呈现水稻和玉米中的小RNA信息。

ARC数据库是一个在线平台，专注于汇集植物线粒体蛋白运输相关的元件信息。

New PLACE是一个在线数据库，专注于汇集植物基因的调控元件信息，包括启动子、增强子、响应元件等。

CR-EST是一个在线数据库，专注于汇集作物的EST数据，这些数据是从cDNA文库中克隆和测序的短序列片段，能够揭示基因表达模式和功能。

uORFlight是一个在线数据库，用于收集和存储有关植物uORFs的信息。