Reactome致力于收集、整理和展示植物基因组中的代谢和调控通路。

PhyAMP（植物天然抗菌肽数据库）是一个在线的数据库，旨在收集和整理植物天然抗菌肽的信息。

TRY Plant Trait Database是一个植物性状全球数据库，专注于整合并共享全球范围内的植物性状数据。

PathoPlant是一个植物-病原体相互作用的信号转导相关物质成分数据库。

The Plant Organelles Database 3（PODB）是一个用于研究植物器官的数据库。

SMPDB（Small Molecule Pathway Database）是一个小分子代谢途径数据库，它提供了关于小分子代谢途径的详细信息。

HFMDB是一个包含人类代谢物信息的数据库，其中包括代谢物的化学结构、生理功能、代谢途径、生物样本来源等详细信息。

ConsensusPathDB旨在帮助生物学研究人员分析和解释基因、蛋白质及代谢通路的功能和相互作用网络

GO(gene ontology)利用层级结构的本体，将基因和蛋白质的功能描述标准化。