NCBI-BLAST（National Center for Biotechnology Information Basic Local Alignment Search Tool）是一种常用的生物信息学工具，用于在生物序列数据库中搜索相似序列。NCBI-BLAST的核心原理是通过构建和搜索数据库中的k-mer索引来加速比对过程。它将查询序列与数据库中的序列进行局部比对，找到最佳的比对位置，并计算比对的相似度得分。NCBI-BLAST使用了多种算法和优化技术，如BLASTP用于蛋白质序列比对，BLASTN用于核酸序列比对等。